Arhiv ima sljedeće ustrojbene jedinice:
A) Centrala Arhiva u Varaždinu sa slijedećim jedinicama:
1. Odjel za opće upravne, računovodstvene i pomoćno tehničke poslove
2. Odjel za zaštitu arhivskog i dokumentarnog gradiva izvan Arhiva
3. Odjel za sređivanje, stručno-znanstvenu obradu i objavljivanje arhivskog gradiva i obavijesnih pomagala
3.1. Odsjek za stručnu i znanstvenu obradu i objavljivanje arhivskog gradiva i obavijesnih pomagala
3.2. Odsjek za starije arhivsko gradivo
3.3. Odsjek za novo arhivsko gradivo
4. Odjel za dokumentacijsko – informacijske poslove i stručna biblioteka
B) Arhivski sabirni centar u Krapini
C) Arhivski sabirni centar u Koprivnici